1、實驗室面積和儀器擺位問題
實驗室設計建設前應根據該實驗室工作的流程確定儀器擺位，規劃儀器電源及給排水接口位置。根據儀器數量及擺位確定各區域所需面積，對實驗室進行分割有效利用空間。儀器擺放在方便工作的同時還應考慮地面承重問題，由儀器廠家提供儀器重量數據，咨詢施工方結構工程師。該室儀器采購招標在實驗室設計施工之前已全部完成，各儀器擺位設計精準確，露出地面的電源線、網線、給排水管極短，安全美觀節省空間。
2、實驗室給電設計
建議實驗室配備大功率不間斷電源為實驗室全部設備提供保護，各設備分別進行電源保護，不易維護且浪費空間。根據實驗室設備情況，確定不間斷電源功率及電流參數，應注意不間斷電源的選擇應為實驗室發展預留足夠空間，建議負荷功率應在現有儀器總功率兩倍以上。電插根據需要可設計在墻面或地面，地面電插應有一定程度的防水，電插位置應靠近所供電儀器，減少地面走線使實驗室更加整潔。由于不間斷電源散熱、噪音較大，實驗室規劃時在后部設置了獨立供電房并在房間中安裝專用空調。
3、實驗室是否需要凈化以及凈化等級
實驗室建設前應根據微生物和生物醫學實驗室生物安全通用準則、GB19489-2008實驗室生物安全通用要求、病原微生物實驗室生物安全管理條例進行生物安全評估，確定實驗室是否需要凈化以及凈化等級〔2-4〕。該室評估結果認為自動化實驗室防護水平應不低于BSL-2級實驗室要求，實際設計中實驗室各項指標完全符合BSL-2實驗室要求，包括明確標識、獨立更衣室、獨立庫房，配備了洗眼器、高壓蒸汽滅菌器及應急工具。此外還在設計中參考了BSL-3實驗室建設的部分要求（5）樓層高度不小于2.6m。實驗室內通道凈寬不小于1.5m，門寬度不小于1m，同時門的高度與寬度應方便實驗室內儀器運輸，建成后實驗室門禁系統、換氣頻率、溫濕度控制等部分指標達到了BSL-3級實驗室水平。
4、實驗室供排水設計
根據所有設備滿負荷運行所需純水水量及等級確定合適制水設備，所選設備水處理能力也應預留足夠空間。該室設計中將噪音最大的氣泵（為自動化流水線提供氣體壓力）和純水處理儀放置在中心實驗室后部獨立的水機房，純水儀防漏管道直接聯通實驗室排水系統，并在機房內設置了吸水泵，方便處理一定程度的泄露。此外，還在實驗室儀器軸線上設置了兩個地底凹槽，給排水管路全部鋪設在地下。
5、實驗室照度及噪音控制設計
根據枟生物安全實驗室建筑技術規范枠要求BSL-2實驗室照度不低于300lux，噪聲不超過68dB。實驗室內裝修前，向施工方提出了實驗室的照度要求，建成后又進行了照度檢測，機房照度約為285-319lux，核心工作區照度約為375-384，基本符合BSL-2實驗室建設標準。采取水電獨立等措施后實驗室環境噪音明顯減小，尤其是在相對獨立的核心工作區測定分貝數與普通診室基本相同。
6、實驗室溫度、濕度要求
參考使用說明統計自動化實驗室內各設備溫濕度要求，如無特殊設備，臨床實驗室檢測儀器要求溫度一般在18~30℃，濕度20%~80%，凈化實驗室空調系統完全能夠達到要求，自動化實驗室溫度可控制在(24±2）℃，濕度30%~45%~。
7、通訊接口問題
實驗室內應預留足夠的電話接口、局域網接口，必要時需有互聯網接口。自動化流水線網絡連線復雜，在安裝前應與廠家工程師仔細商討，確定網絡接口準確位置，安裝完成后梳理連接網線，保持實驗室整潔美觀。
8、實驗室前期準備工作完成情況
自動化實驗室的建立是一個系統工程，除硬件建設外，實驗室安裝流水線前應完成相關的準備工作，如LIS應用與完善、LIS與醫院信息系統的連接、條形碼打印粘貼的規范化、儀器的雙向傳輸、相關人員培訓等。