(一)保留時間變化
可能的原因 : 解決方法
1.柱溫變化 : 柱恒溫
2.等度與梯度間未能充分平衡 : 至少用10倍柱體積的流動相平衡柱
3.緩沖液容量不夠 : 用>25mmol/L的緩沖液
4.柱污染 : 每天沖洗柱
5.柱內條件變化 : 穩定進樣條件,調節流動相
6.柱快達到壽命 : 采用保護柱
(二)保留時間縮短
可能的原因 : 解決方法
1.流速增加 : 檢查泵,重新設定流速
2.樣品超載 : 降低樣品量
3.鍵合相流失 : 流動相PH值保持在3~7.5檢查柱的方向
4.流動相組成變化 : 防止流動相蒸發或沉淀
5.溫度增加 : 柱恒溫
(三)保留時間延長
可能的原因 : 解決方法
1.流速下降 : 管路泄漏,更換泵密封圈,排除泵內氣泡
2.硅膠柱上活性點變化 : 用流動相改性劑,如加三乙胺,或采用堿至鈍化柱
3.鍵合相流失 : 同前(二)3
4.流動相組成變化 : 同前(二)4
5.溫度降低 : 同前(二)5 
(四)出現肩峰或分叉
可能的原因 : 解決方法
1.樣品體積過大 : 用流動相配樣,總的樣品體積小于第一峰的15%
2.樣品溶劑過強 : 采用較弱的樣品溶劑
3.柱塌陷或形成短路通道 : 更換色譜柱,采用較弱腐蝕性條件
4.柱內燒結不銹鋼失效 : 更換燒結不銹鋼,加在線過濾器,過濾樣品
5.進樣器損壞 : 更換進樣器轉子
(五)基線噪聲
可能的原因 : 解決方法
1.氣泡(尖銳峰) : 流動相脫氣,加柱后背壓
2.污染(隨機噪聲) : 清洗柱,凈化樣品,用HPLC級試劑
3.檢測器燈連續噪聲 : 更換氘燈
4.電干擾(偶然噪聲) : 采用穩壓電源,檢查干擾的來源(如水浴等)
5.檢測器中有氣泡 : 流動相脫氣,加柱后背壓
(六)鬼峰
可能的原因 : 解決方法
1.進樣閥殘余峰 : 每次用后用強溶劑清洗閥,改進閥和樣品的清洗
2.樣品中未知物 : 處理樣品
3.柱未平衡 : 重新平衡柱,用流動相作樣品溶劑 (尤其是離子對色譜)
4.三氟乙酸(TFA)氧化(肽譜) : 每天新配,用抗氧化劑
5.水污染(反相) : 通過變化平衡時間檢查水質量，用HPLC級的水。
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(七)峰展寬
可能的原因 : 解決方法
1.進樣體積過大 : 同(四)1
2.在進樣閥中造成峰擴展 : 進樣前后排出氣泡以降低擴散
3.數據系統采樣速率太慢 : 設定速率應是每峰大于10點
4.檢測器時間常數過大 : 設定時間常數為感興趣第一峰半寬的10%
5.流動相粘度過高 : 增加柱溫,采用低粘度流動相
6.檢測池體積過大 : 用小體積池,卸下熱交換器
7.保留時間過長 : 等度洗脫時增加溶劑含量也可用梯度洗脫
8.柱外體積過大 : 將連接管徑和連接管長度降至最小
9.樣品過載 : 進小濃度小體積樣品
（八）峰拖尾
可能的原因 : 解決方法
1.柱超載 : 降低樣品量,增加柱直徑采用較高容量的固定相
2.峰干擾 : 清潔樣品,調整流動相
3.硅羥基作用 加三乙胺,用堿致鈍化柱增加緩沖液或鹽的濃度降低流動相PH值,鈍化樣品
4.同前(四)4 : 同前(四)4
5.同前(四)3 5. : 同前(四)3
6.死體積或柱外體積過大 : 連接點降至最低,對所有連接點作合適調整,盡可能采用細內徑的連接管
7.柱效下降 : 用較低腐蝕條件,更換柱,采用保護柱 .