鍋爐應用的脈沖袋式除塵器即使設計和制造都很好，但如果運行方法不得當，也會造成嚴重后果。在運行方面，除塵器的啟動和停機是兩個很重要的環節。有許多除塵器濾袋過早破損的根源就是在啟動和停機的方法不對。新裝的或已經很長時間停止運行的袋式除塵器在起動時濾料會處在酸露點以下，從而會受到冷凝物的危害，容易形成永久性的堵塞。因此，采取措施盡可能的保護濾料，直到達穩定的運行溫度是很重要的。袋式除塵器停機時，如果停機時間短，不應為濾袋清灰，并注意除塵器保溫。如果停機時間長，應當為所有濾袋清灰，必需利用引風機和鼓風機把袋式除塵器內殘留的酸性氣體清楚。
　　
　　在袋式除塵器運行期間應經常檢查除塵器的壓差，因為系統壓差是袋式除塵器總性能的最佳標志，而各個分室的壓差則是相應的濾袋狀況的最佳標志。壓力降如果突然增大或減少就可能意味著濾袋堵塞、濾袋有漏洞、閥門不動作、清灰系統不正常或灰斗過滿。這時就必須立即行動，隔離該分室并解決問題，以防濾袋破損。為保持袋式除塵器長期良好的運行，做好日常維護工作是很重要的。因此，應對壓差、脈沖閥、輸灰系統、灰斗振動器和閥門的運行情況，閥門控制器、電磁閥、限位開關、風機、馬達和以表的運行是否良好等做定期檢查。
　　
　　此外，還應注意檢查是否有粉塵堆積在花板的潔凈側、濾袋狀況、會斗中灰的積聚、灰斗加熱器的性能，提升閥的密封等情況。
　　
　　只要從設計、制造、安裝、控制及日常運行維護等方面都加以注意，應用袋式除塵器在燃煤鍋爐上是能獲得成功的。